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按床日付费制度是指在住院治疗中,根据病情严重程度和治疗进展情况,对疾病进行分类和分段,在严格测算基础上,制定新农合认定的各级(类)医院、各类疾病和各时间段的每床日标准费用,患者出院后按实际发生费用和规定补偿比与医疗机构结算,新农合基金以实际住院天数和标准费用与医疗机构结算的一种付费制度。