【摘 要】
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以东太湖水源水为研究对象,应用梯度-串联-循环-切向流超滤技术对水体中病毒进行分离浓缩,使用非序列依赖性单引物扩增技术扩增源水中病毒基因组,采用Illumina Miseq进行测序
【机 构】
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哈尔滨学院食品工程学院,哈尔滨工业大学市政环境工程学院,同济大学环境科学与工程学院
【基金项目】
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“十二五”国家科技重大专项（2012ZX07403-001）
论文部分内容阅读
以东太湖水源水为研究对象,应用梯度-串联-循环-切向流超滤技术对水体中病毒进行分离浓缩,使用非序列依赖性单引物扩增技术扩增源水中病毒基因组,采用Illumina Miseq进行测序,与NCBI基因数据库进行比对,质控后获得1 190 914 928 bp基因数据,可组装成5 554条scaffolds序列,获知病毒基因组功能,经比对可注释到尾噬菌体目(Caudovirales)、疱疹病毒目(Herpesvirales)、线状病毒目(Ligamenvirales),在科的水平上,注释到40个科病毒的同源序列,其中含量较高的病毒科为Microviridae占27.590 1%,Siphoviridae占23.010 7%,Phycodnaviridae占5.322 2%,Retroviridae占1.691 2%,Mimiviridae占1.960 8%,其中无法注释(norank)占21.572 8%,102 112条reads在科水平上norank,研究可以高通量的获得水源水中病毒多样性信息,并为水体中病毒的检测提供理论参考依据。
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