利用4对叶绿体DNA引物扩增新疆巩留、霍城和新源3个来源地区的242份新疆野苹果种质资源的4个非编码区trnH-psbA、trnS-trnG spacer+intron、trnT-5’trnL和5’trnL-trnF,基于4个叶绿体基因间区的序列变异,从母系遗传的角度评价遗传变异和不同居群的遗传进化关系。结果表明:4个叶绿体DNA非编码区经测序、拼接、比对和合并之后的片段长度为3812bp,共有171个多态性变异位点,其中包含6个单一突变位点、16个简约信息位点和149个插入-缺失位点。在242份新疆野苹果种质中,trnH-psbA、trnS-trnG spacer+intron、trnT-5’trnL和5’trnL-trnF区域的变异位点的数量分别为68个、25个、77个和1个,单倍型数量分别为36个、6个、6个和2个,合并之后的叶绿体DNA片段的单倍型为52个。核苷酸多样性和单倍型多样性最高的区域均为trnH-psbA(Hd=0.773,Pi=0.01982),最低的为5’trnL-trnF(Hd=0.025,Pi=0.00002)。242份新疆野苹果种质4个叶绿体DNA区域合并后的遗传多样性较高(Hd=0.806,Pi=0.00291)。Tajima’s D检验中,4个cpDNA区域合并后片段在P<0.05水平上显著,4个cpDNA区域整体不遵循中性进化模型,自然选择的压力是新疆野苹果遗传进化的主要动力。新疆野苹果的遗传变异主要存在于居群内部,新疆巩留和新源居群间的遗传距离较近,与霍城居群间遗传距离相对较远,居群间的遗传分化与地理距离相关。3个地区的新疆野苹果各自经历着遗传分化但又存在频繁的基因交流,有向新疆新源的新疆野苹果演化的趋势。