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[目的]探讨蓝氏贾第鞭毛虫种内系统发育及遗传多样性.[方法]对不同来源虫株的磷酸丙糖异构酶(tim)基因进行PCR扩增、序列测定后,用简约法和NJ法构建分子系统树进行系统学分析.[结果]在所测序列中共有124个位点存在变异(23%),且大多数为发生在第三密码子的同义突变,两种构树方法所得两树的分枝结构相似,均将受试的16株蓝氏贾第鞭毛虫分为明显的两组.[结论]tim基因可作为研究蓝氏贾第鞭毛虫群体遗传结构一个有效的遗传标记.