国家治理体系作为全面深化改革的总目标,对地方政府权力的配置模式将产生体系性影响。"多中心治理主体"、"合作式治理模式"需要发挥不同社会主体在国家治理和社会发展中的作用,而在地方政府职责中应更加强调服务职能的完善。所以在地方政府权力的横向配置中,要求重新划分政府与社会、市场间的权力范围,并且推动三者间关系的法治化。但是当前各级地方政府间"上下同责"、"上下同粗"的权力体系严重阻碍了地方政府权力的多中心横向配置,所以各级地方政府间的纵向分权以及增强基层政府的自主权成为地方政府权力重构的首要任务。此外,国家治理体系对行政法学的基本原则也产生了深远影响,在新时期地方政府权力配置法治化的道路上,应更加强调监督和制约地方政府行政权的行使,防止各级地方政府恣意逾越横向、纵向的权力边界。因此,法律保留原则和越权无效原则的价值将会更加凸显,而相关立法也应当更加完善。