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为了降低系统求解规模，提高复杂多体系统动力学求解效率，研究了多体动力学子系统求解算法。通过分析系统拓扑构型，基于雅克比矩阵分块特性，提出子系统综合算法。算法采用半递归法建立含开环、闭环的子系统运动方程，将子系统质量和外力等效作用在内接基体上，解耦系统运动方程组装和加速度求解。此外，针对松散耦合子系统，提出了子系统分治算法。算法针对子系统间的耦合特点，分解复杂多体系统模型，实现子系统的独立求解。最后以机构动力学数值求解实例，验证上述算法的正确性和求解效率。