【摘 要】
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对平欧杂交榛的转录组数据进行了深入挖掘,以期开发其SSRs标记。在25 649条含SSR序列的Unigene中,共找到35 604条SSR序列;其中,单、二、三核苷酸重复为高频类型,其数量及所占
【机 构】
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吉林师范大学植物资源科学与绿色生产重点实验室;
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(31770723;31670681;31370683);吉林省教育厅“十三五”科学技术研究项目(吉教科合字[2016]第228号)
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对平欧杂交榛的转录组数据进行了深入挖掘,以期开发其SSRs标记。在25 649条含SSR序列的Unigene中,共找到35 604条SSR序列;其中,单、二、三核苷酸重复为高频类型,其数量及所占百分比分别为:10 102(28.37%)、16 543(46.46%)、7 035(19.76%);在单核苷酸重复中,A/T重复最多(28.13%);二核苷酸重复中,AG/CT(35.79%)、AT/AT(7.47%)、AC/GT(3.17%)最为丰富;三、四、五、六核苷酸重复中,比例最高的重复序列分别为:AAG/CTT(7.24%)、AAAG/CTTT(0.33%)、AAAAG/CTTTT(0.38%)、AAAAAG/CTTTTT(0.15%)。依据转录组中的SSRs序列信息,随机合成了60对引物,并对含平榛(Corylus heterophylla Fisch)、平欧杂交榛(C.heterophylla×C.avellana)、欧洲榛(C.avellana)及毛榛(C.mandshurica Maxim.)的25份材料进行了PCR扩增和毛细管电泳,找到7对多态性良好的引物,其PIC(Polymorphism Information Content)值为0.35~0.70,获得多态性条带52条;UPGMA(Unweighted Pair Group Method Analysis)聚类结果显示,上述引物可将这些种质进行准确区分。以上研究初步明确了平欧杂交榛转录组中SSR的分布特征,为其遗传连锁图谱构建等研究提供了科学依据。
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