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以与中棉所12及其2个选系为亲本组配的4个杂交棉中棉所28、中棉所29、湘杂棉2号和冀棉18苗期的根和顶端叶为研究材料，采用cDNA—AFLP技术分析苗期杂交棉与亲本的根和叶基因差异表达，并用Quantitative Real-Time技术加以验证。结果表明：（1）在4个杂交组合中，中棉所12选系是营养生长杂种优势高值亲本；（2）杂交种和亲本间存在显著的基因表达差异，可分为杂交种上调、单亲显性、单亲沉默、杂交种下调4种表达型。4个杂交组合在三叶期根和叶中差异表达基因的4种类型比例趋势基本一致，单亲差异表达