【摘 要】
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为探寻云南普洱丹州制药股份有限公司出品的“天然植物抗菌液”(PAMs)潜在抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的可能活性成分及作用机制,应用TCMSP、BATMAN和YaTCM数据库查找PAMs中植物药材来源的化学成分和作用靶点;通过GeneCards数据库获取冠状病毒靶点;Cytoscape作图构建“药材-成分-靶点-疾病”网络和潜在的靶点PPI网络;GO和KEGG富集分析预测PAMs的作用机制,并将PAMs主要活性成分与新型冠状病毒的关键蛋白进行分子模拟与对接.最后,以M13噬菌体为病毒模型,测定P
【机 构】
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西南交通大学 生命科学与工程学院 四川省天然药物仿生合成工程研究中心,成都 610031
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为探寻云南普洱丹州制药股份有限公司出品的“天然植物抗菌液”(PAMs)潜在抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的可能活性成分及作用机制,应用TCMSP、BATMAN和YaTCM数据库查找PAMs中植物药材来源的化学成分和作用靶点;通过GeneCards数据库获取冠状病毒靶点;Cytoscape作图构建“药材-成分-靶点-疾病”网络和潜在的靶点PPI网络;GO和KEGG富集分析预测PAMs的作用机制,并将PAMs主要活性成分与新型冠状病毒的关键蛋白进行分子模拟与对接.最后,以M13噬菌体为病毒模型,测定PAMs对噬菌体病毒的抑制作用.共得到166种PAMs中的药材活性成分、1007个药物靶点,调控新型冠状病毒的潜在作用靶点73个.构建的药材-成分-靶点-疾病网络中,靶点度数大于10的有PTGS2、PTGS1、PPARG、DPP4、CALM1、CASP3、RELA、BAX等.GO富集分析共得到2109个条目,主要包括细胞因子、蛋白磷酸化、免疫调节等;KEGG共富集到144条信号通路,排名前5的依次为人巨细胞病毒感染、TNF、卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染、甲型流感以及乙型肝炎信号通路.分子对接结果显示,木犀草素、槲皮素、黄芩素与SARS-CoV-2的3CL水解酶(Mpro)、S刺突糖蛋白均呈现出强的结合能力;黄芩素、杨梅素、槲皮素与血管受体紧张素转化酶(ACE2)的结合能力强.PAMs对M13噬菌体的抑制测定显示,20％的PAMs对其抑制作用达到99％以上.PAMs可能通过多成分、多靶点、多通路作用于SARS-CoV-2,并且红花、紫草的主要活性成分槲皮素、黄芩素以及木犀草素与Mpro、ACE2以及S刺突糖蛋白均有较低的结合自由能,揭示其可能直接对COVID-19产生辅助治疗作用.
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