【目的】苹果为中国乃至世界最主要果树之一,但由于童期长、其育种工作一直落后于其它作物。本研究旨在揭示苹果花芽分化机理,缩短苹果童期,加速苹果育种进程。【方法】运用蛋白质组学研究技术(双向电泳技术、生物质谱技术、生物信息学技术)对富士苹果树短枝停长后3～9周的花芽、叶芽进行蛋白质分析研究。【结果】短枝停长后第7周花芽形态分化开始,第7周花芽较叶芽的2-DE图谱有283个蛋白点在表达上有明显的质和量的变化。4个蛋白点(16.4、30.2、40.3、65.1kD)为花芽形态分化开始时初前(花序原始体出现)花芽2-DE图谱所特有;3个蛋白点(39.3、60.2、66.3kD)为初后(侧花出现)花芽2-DE图谱所特有,1个蛋白点(77.1kD)为萼片期花芽2-DE图谱所特有。对富士苹果花芽形态分化开始时的4个特异蛋白点用基质辅助激光解吸P电离飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)进行肽质量指纹谱分析,并通过检索不同的数据库进行蛋白质鉴定与功能预测,初步认为第256号(16.4kD)、298号(30.2kD)蛋白点是未知蛋白,第327号(40.3kD)蛋白点是与合成酶有关的蛋白,第367号蛋白点(65.1kD)是一个与转录有关的RNA结合蛋白。【结论】富士苹果花芽形态分化开始时有16.4、30.2、40.3、65.1kD4个特异蛋白、侧花出现时有39.3、60.2、66.3kD3个特异蛋白、萼片出现时有77.1kD1个特异蛋白出现。16.4、30.2kD是未知蛋白,40.3kD是与合成酶有关的蛋白,65.1kD是一个与转录有关的RNA结合蛋白。