【摘 要】
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对DNA序列相似性的比对分析是生物信息学中的重要问题。由于多序列比对(MSA)方法耗时较长,因此非比对方法的应用变得流行起来。DNA序列中的基因突变对序列比对分析的影响是不可忽视的,突变的存在使本应该被匹配的位置丢失。本文在构建环形前缀树以及获得前缀集的基础上,考虑完全匹配与错配两个匹配法则,提取序列中最佳的匹配位置,创建了新的关于位置差的非比对方法,对多序列进行成对比对,并运用邻接(Neighbor-Joining)法构建进化树,从而得到有效的进化关系。
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对DNA序列相似性的比对分析是生物信息学中的重要问题。由于多序列比对(MSA)方法耗时较长,因此非比对方法的应用变得流行起来。DNA序列中的基因突变对序列比对分析的影响是不可忽视的,突变的存在使本应该被匹配的位置丢失。本文在构建环形前缀树以及获得前缀集的基础上,考虑完全匹配与错配两个匹配法则,提取序列中最佳的匹配位置,创建了新的关于位置差的非比对方法,对多序列进行成对比对,并运用邻接(Neighbor-Joining)法构建进化树,从而得到有效的进化关系。
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