叶澜教育研究方法论走向成熟的标志是1999年出版了《教育研究方法论初探》。经由这部专著的出版和相关主题的教学与研究，她重点关注了三个问题：一是教育学的学科史反思，尤其关注赫尔巴特在“教育研究独立化”问题上的教育学贡献。二是教育研究方法论的理论体系构建，涉及教育学与其他学科的关系问题。针对以往的“唯一论”,叶澜讨论了一种新思路：把马克思主义哲学作为教育研究方法论哲学层的构成中心，即把它的地位由“唯一”转向“中心”,并由此提出“提高教育研究中运用马克思主义成熟度”的问题。三是教育学研究对象的特殊性问题以及与之相关的教育研究方法与教育研究对象的适宜性问题。她认为教育的复杂性、综合性与多质性以及未来教育学可能成为哲学、科学和艺术三大人类精神活动的主要领域的交汇点。教育科学也应当为三大领域研究的沟通作出自己独特的贡献。作为事理研究的教育研究既不同于自然科学研究，也不同于精神科学研究。它是以综合研究、动态研究为特征的一种研究。就此而言，教育研究可以看作事理研究中最高层次的一种研究。在一定意义上，教育研究需集人类研究方法之大成。