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利用正交设计方法对柳杉SSR反应体系中的Mg2＋、DNA模板、聚合酶、dNTP、引物等5个反应因子进行了优化，同时对反应程序中的退火温度进行筛选。结果表明：（1）柳杉10uL的SSR反应体系的最优条件为Mg2＋浓度2．0mmol／L、4种dNTP浓度均为0．15mmol／L、正反引物均为0．3umol／L、Taq聚合酶为0．5umol／min、DNA模板为20ng；（2）从柳杉属植物的106对SSR引物中筛选出了多态性高，稳定性好的26对引物；（3）优化了筛选出的26对引物的退火温度。