分析2014年上海地区手足口病患者中肠道病毒71型（enterovirus 71，EV71）的全长基因组序列，了解上海地区EV71流行株的序列特征，推测与致病力相关的毒力基因位点。
方法收集上海交通大学附属新华医院2014年1月至12月临床诊断为手足口病的436例患者的临床资料和咽拭子标本。采用实时荧光PCR方法检测通用肠道病毒和EV71型，选取部分核酸阳性标本进行全基因片段扩增和测序，构建全长和3’非编码区（untranslated region，UTR）基因序列进化树，并与EV71的BrCr原型株、柯萨奇病毒A组4型（coxsackievirus A4，CA4）、CA14、CA16原型株和其他肠道病毒A组原型株进行各编码区核苷酸同源性比较。另外，结合GenBank数据库中代表株，比较轻症、重症和死亡组的氨基端序列，寻找差异位点。
结果436例手足口病患者中，EV71核酸检测阳性123例（28.21%）。对13个EV71检测阳性标本病毒的全长基因序列和3’UTR序列进行系统进化树分析，发现2014年上海地区EV71流行株为C4a亚型，3’UTR序列与CA4、CA14和CA16原型株序列相近。结合GenBank数据库中代表株，比较EV71轻症、重症和死亡患者的氨基端序列，发现159个蛋白氨基酸序列差异位点，其中Q230L（VP2）、I1054V（2B）、V1508I（3A）、V1662I（3C）等4个位点差异有统计学意义（x2值分别为8.82、6.09、6.09、6.09，P值分别为0.012、0.048、0.048、0.048）。
结论2014年上海地区的EV71 C4a亚型流行株3’UTR区与CA4、CA14和CA16型存在重组，位于VP2结构区的230位可能是与致病力相关的毒力基因位点。