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清代蒙古族地区藏传佛教寺庙中设有各种扎仓,较大的或中等寺庙均有曼巴扎仓.曼巴扎仓是学习和研究藏医、蒙医理论和医术的学部,成为医药教育和治疗中心.曼巴扎仓的经书内容多,如古代印度医学、西藏医学和蒙古医学,但学习的重点是《四部医典》.曼巴扎仓有一套丰富的经典,齐全的设备,严格的戒律,建立健全的规章制度和完备而严密的组织形式.通过师授、背诵和辩论的形式,达到通晓《四部医典》等经典.