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基于城市创新职能指数和创新区位熵研究方法，利用苏南5市统计年鉴制造业经济数据和中国专利信息服务平台苏南制造业专利授权数据，分析2007、2010和2013年苏南城市制造业创新体系与分工演化特征。结果发现，苏南城市制造业创新职能经历2007年的创新极化和2010年的创新扩散效应后，逐渐形成以苏州为中心，南京、无锡为副中心的三级塔形结构。苏南创新中心南京不断向外分化制造业创新职能，苏南城市制造业各部门创新分工明显。针对以上研究规律，提出将苏州打造成区域综合性的制造业创新中心和优化苏南制造业创新分工结构的建议。