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猪瘟病毒（CSFV）和流行性乙型脑炎病毒（JEV）是引起种猪繁殖障碍的病原，而且经常混合感染，及时准确诊断是防治的前提。根据CSFV的E2基因保守序列和JEV的E基因保守序列，选取2对引物建立检测CSFV、JEV的复合RT-PCR方法，分别扩增出了大小为508和1015bp特异性基因片段。应用此方法检测了10份临床样品（淋巴结、脾、肝、肺等组织），结果4份CSFV阳性，3份JEV阳性，其余为阴性。结果表明此CSFV和JEV复合RT-PCR诊断方法，具有很好的特异性和敏感性，可用于临床检测。