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采用DEA-Malmquist指数模型,测算了2000—2012年我国30个省区R&D资源的配置效率,并根据因子分析法阐释R&D资源配置效率的环境影响因素。结果发现,政府支持力度、经济发展水平、外商投资规模对我国R&D资源配置效率的提升具有重要的促进作用,是引起区域差异的主要原因;信息化水平和教育水平在一定程度上促进了R&D资源配置效率的提升,但影响较小;自然环境对R&D资源配置效率的影响最弱。