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高校的科研效率对地区科技研究和经济社会全面发展具有较强的支撑作用。在对省际高校科研效率的研究中，采用传统DEA方法的研究较多，而该方法不能解决高校科研投入、产出时间上滞后性以及影响非单一性的问题。针对以上问题，通过采用改进DEA方法建立产出相对滞后的评价模型，对全国31省市2003--2009年期间高校科研效率进行评价，并依据评价结果提出相关建议，为各省市改善高校科研效率提供有效参考依据。