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湖南省是农业大省,农业生态效率是农业经济增长与环境协调发展的真实反映,将农业面源污染CODcr、TN、TP的排放量作为湖南省农业生态效率非期望产出的考量,分别运用dea-ccr模型和sbmundesirable模型对湖南省及14个市区2004-2013年的农业生态效率进行测算对比分析,结果表明导致农业生态效率损失的主要原因是农业化肥使用过剩、农业用水消耗较大和农业污染问题三方面。最后为保障湖南省农业高效、生态、环保、协调、可持续发展,给出了相关措施及建议。