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测定了分布于我国的22个山茶属金花茶组的种或变种的nrDNA ITS区序列,它们的序列长度在476～496之间.GC含量都超过了70%,应用Kimura 2-模型计算了序列间的分化程度,构建了最大简约树、邻接树和最大似然树,分析结果表明:(1)淡黄金花茶、毛籽金花茶、陇瑞金花茶、弄岗金花茶、大样金花茶和凹脉金花茶的关系较近;(2)小瓣金花茶、小花金花茶、薄叶金花茶、多瓣金花茶、夏石金花茶和龙州金花茶的关系较近.ITS区序列分析结果与AFLP分析结果相近.