【摘 要】
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为了探究中国荷斯坦牛DQA2基因的遗传特性,本研究以中国荷斯坦牛作为研究对象,利用混合DNA扩增产物直接测序的方法对DQA2基因的4个外显子进行SNPs筛选,并利用生物信息学软件
【机 构】
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西北民族大学生命科学与工程学院,兰州,730030
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为了探究中国荷斯坦牛DQA2基因的遗传特性,本研究以中国荷斯坦牛作为研究对象,利用混合DNA扩增产物直接测序的方法对DQA2基因的4个外显子进行SNPs筛选,并利用生物信息学软件预测各SNPs对DQA2基因mRNA二级结构的影响.通过序列拼接和序列比对,结果在荷斯坦牛上检测到6个SNPs,分别为Exonl-T61A、Exon3-C414T、Exon4-C667G、Exon4-C684T、Exon4-C690T和Exon4-C693T.其中Exonl-T61A和Exon4-C667G是错义突变,分别导致半胱氨酸(Cys)和精氨酸(Arg)转变为丝氨酸(Ser)和甘氨酸(Gly).荷斯坦牛DQA2基因各SNPs的mRNA二级结构预测显示野生型和Exon4-C684T的mRNA二级结构自由能都为-248.67 kcal/mol,对DQA2基因的二级结构稳定性无影响;而Exon3-C414T、Exon4-C667G和Exon4-C690T降低了DQA2基因mRNA二级结构的稳定性,Exonl-T61A和Exon4-C693T增强了DQA2基因mRNA二级结构的稳定性.研究结果为DQA2基因的进一步研究和对荷斯坦牛的抗病育种提供理论依据.
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