基于粗粒化的流感病毒蛋白进化树构建

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在127065条血凝素、神经氨酸酶流感病毒蛋白基础上,提出基于粗粒化的病毒蛋白进化树的构建方法.首先基于病毒蛋白序列特征,给出序列间相似性度量,提取流感病毒系统层次递阶结构,并定义层次聚类指标,确定最佳聚类数.然后基于距离中心最近的原则提取流感病毒系统代表.最后采用距离度量构造流感病毒进化树.实验表明,相同流感病毒具有宿主相同、时间跨度较小、爆发地点相近,更倾向于处于相同分支的特点,这与已有的文献吻合,因此该方法有利于挖掘病毒变异轨迹.
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