大豆籽粒富含蛋白与脂肪,是人类植物蛋白与食用油重要来源;然而,蛋白、脂肪含量属多基因控制数量性状,尽管已有相关QTLs报道,但多是针对单个QTL进行分析,而很少有关于上位性QTLs的报道。鉴于此,利用大豆RIL群体,在4种环境条件下评价其籽粒蛋白与脂肪含量,结合SNP基因型进行上位性QTLs分析发现,定位到48对控制籽粒蛋白、55对控制籽粒脂肪含量上位性QTLs,涉及大豆所有染色体;进一步分析发现,有19对上位性QTLs同时与籽粒蛋白和脂肪含量相关,具体包括12对定位区间完全相同的QTLs、2对定位区间含共同标记的QTLs以及5对定位区间距离不超过5 c M的QTLs;同时发现,19对上位性QTLs分布在除11号染色体以外的19条染色体,其中以13号染色体分布数量最多,其次为1号染色体。上述结果不仅增添了控制大豆蛋白与脂肪含量上位性QTLs,而且为揭示二者之间的负相关关系提供了QTL间/基因间互作方面的分子证据。