通过生物信息学技术分析比较溃疡性结肠炎（UC）患者与健康人的基因芯片数据，初步筛选UC的差异表达基因，进而预测治疗UC的潜在中药药物。从基因表达数据库（GEO）下载GSE36807基因芯片，使用R语言分析得到上调和下调的差异表达基因，通过String数据库、Cytoscape软件及其插件分析得到差异表达基因的核心基因，对核心基因进行基因本体及京都基因与基因组百科全书分析，通过核心基因与医学本体信息检索平台（Coremine Medical）相互映射，筛选治疗UC的中药及其活性成分。筛选出648个差异表达基因，包括251个下调基因和397个上调基因。上调差异表达基因共得出15个核心基因，包括CXCL8，IL1B，MMP9，CXCL1，CXCL10，CXCL9，CXCL2，CXCL5，TIMP1，CXCL11，STAT1，LCN2，IL1RN，MMP1，IDO1；其生物过程与通路主要富集在白细胞介素、趋化因子配体和细胞因子、趋化因子介导的信号通路，与炎症反应、防御反应、细胞趋化性、分泌颗粒、IL17信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路等密切相关。治疗UC的潜在中药药物有姜黄、黄连、黄芩、石斛、地榆、黄柏、白及、苍术等。差异表达基因和核心基因的分析促进了对UC发病机制的理解，本研究为UC中药干预的新药开发提供了潜在基因靶标与研发思路。