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医药卫生体制改革的深化带来了医院内部管理与运行的新变化。医院经济管理科学化，精细化已经具备了一定基础。旧制度已经暴露出一些比较明显的缺陷。在预算管理方面，缺乏全面预算管理要求，在支出及成本费用管理方面，成本核算体系不完善。新制度的施行并不代表医院会计核算的从头开始，会计核算是会计主体的经济反映，其初始化设立的资产和负债是旧制度核算的延续，可视同一个会计期间的结束与新会计期间的开始，两者之间存在一定的逻辑关系，两者之间的逻辑关系可以用会计处理的方式建立。