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主体功能区划的研究对象"社会-经济-自然复合系统"是一个非线性、自适应、动态的复杂系统,难以用简单的线性因果关系进行分析、预测和控制,这也是目前主体功能区划实践中遇到的一系列问题的根本原因之一。本文提出将混沌理论与分形理论引入主体功能区划理论和方法中,并重点就主体功能区划的动态性、不同空间层级的协调、空间尺度及指标体系分维等问题进行了分析,探索了主体功能区划理论和方法的新思路。