作为水资源和生态系统的载体，流域的整体价值由服务价值与存在价值组成。用水权内含的流域服务价值通过价值规律和市场价格机制予以反映，但在用水权市场交易中，价值规律和市场价格机制并不体现流域存在价值。流域存在价值体现的是人类长远利益和自然要求，决定了人类必须对流域负有伦理责任，同样需要法律对其予以反映和记载，形成法律所保护的“非资源环境权益”并承担不损害该权益之义务。面对用水权市场交易对流域生态系统产生的客观影响，有必要建构用水权市场交易专门法，对流域存在价值予以特别尊重和保护，具体包括规定流域存在价值评估制度；明确被列入生态保护红线内流域的用水权不得进行市场交易；在水资源费构成中纳入流域存在价值；对自然与交易水流方向相反的用水权市场交易实行实质审查，不得影响和损害流域存在价值；跨区域用水权市场交易须对流域存在价值进行评估；农业用水权市场交易主管部门须对转让水资源的性质、受让后水资源的用途及数量、受让方的资格等进行实质审查。这些规范内容也构成了国家对用水权市场交易监管机制的重要组成部分。