【摘 要】
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为了揭示核桃JAZ基因家族在核桃生长发育中的作用,本研究通过构建隐马尔科夫模型与转录组数据结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索JAZ家族基因,对该家族进行理化性质、基因
【机 构】
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河北农业大学山区研究所/河北省山区农业技术创新中心/国家北方山区农业工程技术研究中心,河北农业大学园艺学院,河北农业大学生命科学学院,中国林业科学研究院林业研究所/国家林业和草原局林木培育重点实验室
【基金项目】
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国家重点研发计划项目(2019YFD1001603),河北省自然科学基金资助项目(C2019204270).
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为了揭示核桃JAZ基因家族在核桃生长发育中的作用,本研究通过构建隐马尔科夫模型与转录组数据结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索JAZ家族基因,对该家族进行理化性质、基因结构、保守基序、启动子元件、蛋白互作预测等生物信息学和低温胁迫下的转录表达分析。结果表明,核桃JAZ基因家族包含17个成员,蛋白长度范围为138~385个氨基酸,开放阅读框为417~1149 bp,等电点为8.47~10,全部为碱性不稳定亲水蛋白;含有典型的TIFY和jas 2个高度保守的结构域,聚类分析发现,该类基因可分为Group A、
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