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根据滤波多音调制（FMT）系统基本原理推导了严格采样FMT系统的矩阵表示式，并针对严格采样FMT系统符号间干扰（ISI）严重的问题，根据最小均方误差准则提出了一种子信道频域均衡算法，给出了新算法的最小二乘迭代实现。仿真结果表明，新算法能有效均衡FMT信号，相比较于判决反馈均衡（DFE）算法，新算法的实现结构更简单并且误码率性能更好。