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光合细菌具有多重代谢方式,其应用前景广阔,尤其在对高浓度有机废水的净化处理中,表现出负荷和效率高及投资少的优点;在禽畜和水产养殖方面,光合细菌可提供单细胞蛋白及多种生理活性物质,并有改善水质,预防鱼病的作用,对产量和成活率均有显著的提高,光合细菌在农业及生物能源开发方面亦有着相当的应用潜力。