为了挖掘陆地棉可能与耐盐性相关的功能SNP,本实验以耐盐陆地棉品种中9409为材料,从对照和盐胁迫材料的叶片转录组数据检测SNP,并进行GO和Pathway注释。从对照（ck,c）和处理（salt-treated,s）中分别检测到SNPc（对照中的SNP）12 659个、SNPs（处理材料的SNP）16 871个,其中对照特有SNP（SNPc-only）2 102个,盐胁迫后样品特有SNP（SNPs-only）4 547个。GO注释分析发现gene^SNPc,gene^SNPs,gene^SNPc-only在分子功能、细胞组分、生物进程富集的比例基本一致,而gene SNPs-only在每个分类中的基因比例都明显大于前三个。Pathway分析表明,gene^SNPc,gene^SNPs,gene^SNPc-only,gene^SNPs-only显著富集的通路也不完全相同。以磷酸肌醇代谢途径和茉莉酸信号途径为重点,qRT-PCR（Quantitative Real Time PCR）验证通路中的差异表达基因,并初步分析这些基因上SNP的位置、酶切效应以及是否会导致氨基酸变异。