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玉米是世界上重要的粮食作物，长期以来一直是遗传学、分子生物学和基因组学研究的重点对象。近十多年来，涉及到玉米的基因组学研究取得了很大进展。不仅在利用比较遗传作图方法方面发现玉米和其它植物(尤其是禾谷类作物)的基因组存在广泛的共线性，在较小的DNA区域上也发现存在微共线性。尽管还存在一些共线性的例外情形，进一步的比较基因组学研究将深入阐明玉米基因组的结构和进化，并把这些研究成果应用于基因发掘中。