【摘 要】
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目的:评价细菌基因组结构作为种系标志在细菌亲缘关系识别中的应用.方法:本研究选用3个属的细菌:Klebsiella, Neisseria 以及 Vibrio.为得到完整的基因组 DNA,整个提取的操作
【机 构】
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加拿大卡尔加里大学医学院微生物系北京大学基础医学院微生物系;哈尔滨医科大学微生物学教研室;加拿大卡尔加里大学生物系;北京大学基础医学院微生物系;中国科学院微生物研究所;加拿大卡尔加里大学医学院生物化学
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目的:评价细菌基因组结构作为种系标志在细菌亲缘关系识别中的应用.方法:本研究选用3个属的细菌:Klebsiella, Neisseria 以及 Vibrio.为得到完整的基因组 DNA,整个提取的操作过程都在琼脂糖凝胶中进行.经proteinase K除蛋白后,基因组DNA置于TE缓冲液中待用.内切酶Ⅰ-CeuⅠ是本研究中主要的工具酶.酶切后的基因组DNA经脉冲场电泳分离.结果:Klebsiella的所有菌株(两个种,即Klebsiella pneumoniae 和 Klebsiella oxytoca)都有一个共同的基因组结构,而这一“Kle bsiella基因组结构”与Escherichia coli或Salmonella的基因组结构很相似, 其主要不同之处有3点:(1)有8个rrn操纵子(Esch erichia coli和Salmonella各有7个);(2)基因组较大;(3)Ⅰ-CeuⅠ E片段易位.以往学术界认为Neisseria具有高度易变和多态的基因组结构.而我们的研究结果表明,Neisseria的基本基因组结构是相对稳定的.我们比较研究了300株N. m eningitidis,结果仅仅发现了少数几个不同的基因组结构.其中Z2491株代表50%的群体 (Ⅰ型基因组结构),MC58株代表20%的群体(Ⅱ型基因组结构),N045株代表17%的群体 (Ⅲ型基因组结构).已知Z2491和MC58代表不同的种系群,所以我们认为我们所鉴别出的Ⅲ型及其他型基因组结构都相当于不同的种系群.Vibrio菌属中我们比较研究的有下列菌种: V . algi nolyticus, V. fluvialis, V. furnissii, V. harveyi, V. natriegens, V. parahaemoly ticus, 和 V. proteolyticus,这些细菌均有多态的基因组结构.结论 :细菌基因组结构有可能作为种系标志用于识别细菌的种系群.这一种系标志对于最终建立一个真正以种系关系为基础的细菌分类系统将会发挥重要作用.
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