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畜禽养殖业的快速发展导致养殖废弃物排放量大幅增加．成为基层环保部门污染减排一个新的难题。文中以南通市通州区为研究对象．介绍了通州区畜禽养殖业的发展现状．分析了其存在的畜禽养殖场规划选址不合理、饲养规模匹配、污染防治设施落后、自然生态环境污染日渐突出、专业经营管理技术水平低等主要问题，在科学规划选址、鼓励标准化规模养殖、加大养殖业环保投入、推广畜禽清洁工艺、加快研究应用先进养殖业技术方面提出了一些污染治理的建议。