丁型冠状病毒我国猪源株的遗传变异分析

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猪丁型冠状病毒病(PDCo VD)是新近报道的呈现世界流行性的猪肠道病毒病。为掌握我国猪丁型冠状病毒(PDCo V)的遗传变异特征,本研究对2014年11月至2015年5月之间采集的我国3个省的10个猪场的64份样品进行了检测,并对8个PDCo V毒株的S基因全长以及其中一个毒株的全基因组序列进行了测序分析,PDCo V的检测率为23.4%,比猪流行性腹泻病毒(PEDV)的检测率17.2%要高,同时PDCo V的单独感染率为17.2%,与PEDV混合感染率是6.4%,系统进化树表明本试验中的SXD1毒株与之前我国香港报道的毒株HKU15-44和HKU15-155的同源性最近,而这些毒株可能来自于中国大陆地区,且Song等进行的回溯性检测检到了PDCo V,表明PDCo V是一种重要的猪病毒性腹泻病病原,早就存在但未被检出。S蛋白的第52位氨基酸编码基因的缺失可以作为区分我国PDCo V毒株和韩国以及美国PDCo V毒株的标记。同时PDCo V毒株基因组上的ORF1a、S基因和N基因的变异提示我国应加强PDCo V的监控,尽快研制出针对PDCo VD的疫苗。
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