【摘 要】
：
目的建立一种基于高通量测序技术的发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus，SFTS)基因组的测序方法。方法提取SFTS病毒核酸，分别采用随机引物和oligo(dT)磁珠特异性抓取核酸的方法，优化扩增和纯化条件并建库，利用二代测序仪检测病毒核酸序列。结果3株病毒采用两种方法测序结果差距较大，利用随机引物建库法获得的
【机 构】
：
浙江中医药大学医学技术学院，杭州 310053,浙江省疾病预防控制中心微生物检验所，杭州 310051,浙江省疾病预防控制中心微生物检验所，杭州 310051,浙江省疾病预防控制中心微生物检验所，杭州
论文部分内容阅读
目的建立一种基于高通量测序技术的发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus，SFTS)基因组的测序方法。
方法提取SFTS病毒核酸，分别采用随机引物和oligo(dT)磁珠特异性抓取核酸的方法，优化扩增和纯化条件并建库，利用二代测序仪检测病毒核酸序列。
结果3株病毒采用两种方法测序结果差距较大，利用随机引物建库法获得的数据测序深度和覆盖度明显低于oligo(dT)磁珠抓取建库法。采用oligo(dT)磁珠抓取建库的方法，可对提取的核酸大于300ng的毒株进行测序，3株病毒测序深度都在900以上，覆盖度均超过99%，与NCBI上数据匹配度在90%以上。
结论利用oligo(dT)磁珠抓取SFTS病毒核酸的方法进行建库，建立了基于二代测序平台的SFTS病毒基因组检测方法。
其他文献
目的研究乳腺癌易感基因BRCA1、BRCA2、TP53、PTEN在中国乳腺癌患者中发生胚系突变的情况。方法本研究为探索性研究，选择2016年1月至2018年8月就诊于北京大学人民医院乳腺外科的女性乳腺癌患者128例。其中散发乳腺癌患者44例，具有遗传性乳腺癌高危因素的乳腺癌患者84例。应用二代测序技术对患者进行BRCA1、BRCA2、TP53及PTEN 4个基因的胚系突变情况进行检测。χ2检验分析
目的采用改进的实验方法研究血管紧张素转换酶（ACE）基因rs1799752多态性与2型糖尿病（T2DM）肾病（DKD）的相关性，并探讨该多态性与环境因素（吸烟、肥胖）的交互作用对DKD的影响。方法病例对照研究。选择2016年6月至2018年3月中日友好医院收治的T2DM合并DKD患者[DKD（+）组]和T2DM不伴DKD患者[DKD（-）组]各300例为研究对象。采用改进的PCR-毛细管电泳法进行
随着生物信息学技术的不断发展，精准医学理念的不断深化，包括唇腭裂在内的遗传性疾病的遗传机制逐渐得到越来越多的关注。先前大量研究着眼于蛋白编码区，发现了很多潜在的唇腭裂致病突变，但仍然存在许多尚未解决的问题，近年来研究人员逐渐开始关注基因组中的非蛋白编码区。本文综述了唇腭裂研究中发现的蛋白编码区致病突变和一些起到重要作用的非蛋白编码区变异及其可能的致病机制。
目的观察5-氨基酮戊酸（5-aminolevulinic acid，5-ALA）介导的光动力治疗对口腔鳞状细胞癌（oral squamous cell carcinoma，OSCC）的体内外作用并探讨其机制，为临床OSCC治疗提供参考。方法将SCC25细胞分为对照组（5-ALA质量浓度为0 mg/L）和实验组（5-ALA浓度分别为10、25、50、100与150 mg/L），各组依次孵育2、4、8
目的阐明经治疗的慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B, CHB)患者外周血IL-32的表达水平，探讨IL-32水平与谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、白蛋白(ALB)及HBV DNA载量的相关性。方法选择干扰素治疗CHB患者30例以及健康对照者30例，TRIzol法提取外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cells, PBMCs)总R
目的研究黄柏对Ⅰ型单纯疱疹病毒(herpes simplex virus 1，HSV-1)功能蛋白和其对细胞因子的作用，探讨黄柏多渠道抑制HSV-1病毒的机制。方法将病毒接种到药物处理后的HeLa细胞上，荧光显微镜观察病毒增殖变化，qPCR检测病毒囊膜表面糖蛋白gD与功能蛋白US1的转录水平表达。药物孵育HeLa细胞24 h后，qPCR检测IP-10、IL-12、IFN-γ等固有免疫因子转录水平表
人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)是人类健康的重大威胁，因病毒持续复制，患者体内CD4＋T淋巴细胞的逐步减少并最终发展成为获得性免疫缺陷综合征(acquired immunodeficiency syndrome, AIDS)。抗逆转录病毒治疗(antiretroviral therapy, ART)能使大部分患者获得很好的病毒学控制及免疫学恢复
目的对感染性废物的包装给出一个合理的包装层数和封口方式，在指定的高压灭菌程序下，达到更好的高压灭菌效果。方法在指定的高压程序P4、P9下，针对医疗废弃物专用包装袋采用不同的包装层数和封口方式(包装层数分别为单层、双层、三层；封口方式分别是轻微折叠、高压胶带、尼龙扎带封口);通过用生物指示剂对内部感染性废物的上部、中部、底部进行检测，评价不同组合方式下的高压灭菌效果。结果1)在P4高压程序下，三层医
目的分析2017年兰州市5岁以下儿童A组人轮状病毒的感染状况及病原学特征，为轮状病毒的防控提供科学数据。方法收集2017年1月至12月兰州大学第一医院儿科5岁以下就诊的腹泻患儿粪便样本219例，采用ELISA方法进行A组人轮状病毒抗原检测，阳性样本用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)结合测序进行G/P分型，对部分样本VP7基因片段进行扩增、测序和系统进化分析。结果219例样本中，A组人轮状病毒阳
乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)再激活导致慢加急性肝衰竭治疗困难、病死率高，近年发病率逐年增高。B细胞单克隆抗体、糖皮质激素、化疗、直接抗丙型肝炎病毒药物及自行停用核苷(酸)类似物抗HBV治疗等，均是引起HBV再激活的高危因素。本文从HBV再激活的诊断标准、危险因素、发生慢加急性肝衰竭的风险评估及其预防和管理等方面进行综述。