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基于组织类型和区域边界两个维度将跨区域研发合作划分为四种模式,采用北京、上海和广东三大典型区域1985-2008年的发明专利数据,考察了三类主要邻近性因素对不同跨区域研发合作模式的影响。结果表明:地理邻近对跨区域企业间、跨区域学研机构间合作的影响均不显著;技术邻近对跨区域研发合作模式影响大多为负;关系邻近对跨区域研发合作模式影响大多为正,且这种正向作用在跨区域企业间、跨区域学研机构间的合作中尤为突出。最后,结合区域创新资源配置和跨区域知识流动方式,对我国典型地区的跨区域研发合作主导模式及邻近性的不同作用进行了讨论。