华重楼种子休眠相关miRNA的鉴定和差异表达分析

来源 :中国中药杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yueming1030
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
探究华重楼种胚休眠过程中miRNA 的表达模式,为miRNA调控种子休眠与萌发机制提供参考资料.利用高通量测序技术、生物信息学分析和实时荧光定量PCR(qPCR)技术,分别对处于休眠和休眠解除时期的华重楼种胚的miRNA进行高通量测序、筛选和鉴定.结果显示华重楼种胚休眠、休眠解除时期4个样本文库中分别有23 811 977,24 276 695,20 611 876,20 601 811 条unique序列.miRNA主要分布在21~24 nt,其中在休眠状态长度为24 nt 的miRNA数量最多,在休眠解除后的生长发育阶段19 nt 的最多.共鉴定出31 个已知的miRNA,属于13个不同的家族,并利用生物信息学软件预测到了 93个新的miRNA,比较分析休眠维持到休眠释放过程中差异表达的miRNA,筛选出10个差异表达的miRNA(miR156a-5p,miR160a-5p,miR160h-1,miR169a-5p,miR157d,miR159a-1,miR395-3,miR156f-5p,miR156-2,miR171a-3p).该研究共鉴定出 10个与华重楼种子休眠解除相关的miRNAs,GO与KEGG功能富集分析表明,差异表达的miRNA靶基因主要通过碳水化合物代谢、植物激素信号转导、细胞分裂和生长等途径调控种子休眠和萌发,qRT-PCR验证结果显示测序结果和实际结果一致.
其他文献
创伤评分、创伤登记和创伤数据库建设是创伤中心质量改进的基石。简明损伤定级(AIS)/损伤严重度评分(ISS)自2008年起被各国用作创伤中心评审的依据,现已发展为全球公认的创伤评分系统。笔者介绍自1971年以来发布的9个版本AIS中代码数量和分值设定的变化,以及近年来AIS/ISS评分体系的应用效果,并结合临床多发伤患者,分析AIS/ISS目前在临床应用中存在的错误。我国创伤登记和数据库建设的重点
  本文主要提出了一种利用SU-8光刻胶形成高深宽比结构的新型压力传感器.为了解决传统压力传感器测量范围受限的问题,通过特定的结构设计,实现敏感膜形变量与法布里-珀罗腔