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本文用超效率DEA对新疆1995～2008年的科技投入产出相对效率进行了测度，并对DMU单元在DEA相对有效面上的投影进行了分析。结果表明：新疆的科技投入产出相对效率呈现由波动到相对稳定的趋势，影响新疆科技投入产出相对效率的主要原因是投入相对过剩、产出不足，并且在提高转化效率的基础上可以通过适当增加科技投入来提高新疆的科技效率，最后提出了提高新疆科技投入产出效率的建议。