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对于特定类群的编码蛋白质基因而言，处于选择压力下的相应密码子的演化有以下3种情况：负选（purifying selection）、中性进化（neutml evolution）和正选择（positive selection）。其中，中性进化位点的替换基本不影响蛋白质的结构功能，因此不受选择作用；负选择位点对于维持蛋白质的正常结构具有关键作用，很难在被替代的情况下维持蛋白质的正常功能，因此该位点的密码子替换速率很低；