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2017年10月,党的十九大提出:建立全面规范透明、标准科学、约束有力的预算制度,全面实施绩效管理。在法律层面,《预算法》要求"各级预算应当遵循统筹兼顾、勤俭节约、量力而行、讲求绩效和收支平衡的原则"、"各级政府、各部门、各单位应当对预算支出情况开展绩效评价"。预算绩效目标设定、年度预算绩效评价是预算绩效管理工作的重要环节,对保证预算绩效工作质量有重要意义。文章在阐述疾病预防控制机构预算绩效管理重要性基础上,深入探讨了当前疾病预防控制机构预算绩效管理存在的问题,并针对性的提出完善疾病预防控制系统预算绩效管理的对策措施。