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为了系统性地开发和拓展柑桔SSR标记，通过对公布的柑桔BAC文库末端序列（BAC-Endsequence，BES）进行SSR分析，选择1500个SSR位点设计合成并检测323对引物。结果表明：（1）从总长度为28．1Mb的46339条序列中共检测出22403个SSR位点，约每2条序列就会出现一个SSR位点，发生频率为48％，相当于平均1．25kb的序列中就会出现1个SSR，频率约为柑桔EST的2倍，且不同核心重复序列的SSR发生特点与EST也不同。（2）所合成的323对引物中，有效扩增316对，扩增率约9