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利用改良的CTAB法提取药材的基因组DNA，运用通用引物对高良姜及混淆品大高良姜rDNA ITS区进行PCR扩增，对产物进行直接测序并对测序结果进行聚类分析。结果表明，经Clustal X软件序列比对后发现二者ITS的长度范围在568-576bp，有32处变异位点，主要集中在ITS1区和ITS2区，聚类分析表明高良姜与大高良姜各聚为一支，表明高良姜与大高良姜两种植物碱基序列有较大的差异。