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本文主要研究用改进的遗传算法解决多序列比对问题。针对基本遗传算法收敛速度慢、容易陷入局部最优解的不足,提出1种分层遗传算法,同时在低层遗传算法中采用不同的遗传算子以达到整体收敛速度快、避免局部收敛的效果。文中还提出了1种新的初始化方法,以提高算法的稳定性。最后通过实验分析,验证了算法的可行性、有效性。