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针对短基线声纳系统跟踪水下目标的问题，建立了状态方程和观测方程，提出了一种自适应扩展卡尔曼滤波的跟踪算法，该算法包含八个基本步骤。将声波传输时延转换为水下目标的距离，用卡尔曼滤波的方法对数据中的噪声进行滤波。对目标的匀速航行和机动航行进行了仿真实验，实验结果表明了该算法的正确性和有效性。最后将该算法用于水下目标的实测数据，收到了良好的效果。