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针对基因表达式编程(GEP)的进化模型,其基因组存在不被表达的中性区,研究了GEP中性区在进化中的作用,指出GEP基因存在中性区域,进化进程中必存在中性突变,分析了GEP的基因表示的中性区域存在的特点;通过控制基因长度和基因数量技术,调控中性区的大小和数量,讨论了GEP的中性区域对进化的作用。实验表明,GEP中性区域保持50%~80%,能保证较高的挖掘成功率。