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为解决连续波主动声呐中发射和接收之间的直达声干扰问题，在基于分数阶傅里叶变换检测和估计线性调频信号原理基础上，提出外差．分数阶傅里叶变换处理算法。通过分数阶傅里叶变换对外差信号在阶次-分数阶傅里叶域进行二维搜索，得到与外差信号匹配阶次下的处理结果，再根据得到的中心频率和调频斜率计算得到目标的位置和速度。仿真表明提出的算法能够达到脉冲信号做匹配滤波处理相当的增益，对目标参数的估计也得到了较好的结果。