【摘 要】
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单细胞转录组测序（Single cell RNA sequencing，ScRNA seq）是一种变革性的生物技术，以前所未有的高分辨率来解析组织复杂性，解决了普通转录组测序（Bulk RNA sequencing）无法回答的问题。但单细胞数据的高通量及复杂性给分析带来极大难度，批次效应（Batch Effects，BEs）的处理便是主要挑战之一。批次效应是高通量生物数据分析中的技术性偏倚，其来源
【机 构】
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复旦大学附属中山医院肝脏外科与移植外科复旦大学肝癌研究所
【基金项目】
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国家自然科学基金项目（No.81972229）； 复旦大学附属中山医院优秀骨干计划项目（No.2019ZSGG03）； 复旦大学附属中山医院优秀青年计划项目（No.2019ZSYQ07）；
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单细胞转录组测序（Single cell RNA sequencing，ScRNA seq）是一种变革性的生物技术，以前所未有的高分辨率来解析组织复杂性，解决了普通转录组测序（Bulk RNA sequencing）无法回答的问题。但单细胞数据的高通量及复杂性给分析带来极大难度，批次效应（Batch Effects，BEs）的处理便是主要挑战之一。批次效应是高通量生物数据分析中的技术性偏倚，其来源及处理具有高复杂性和研究依赖性。根据组织类型、测序技术及实验设计的不同，测序数据需采用不同的评估、分析、测量及处置流程来实现有效的批次效应处理。评测批次效应在单细胞数据分析中极易被忽略，但却有助于判断批次效应的来源、对数据变异的解释度、对数据分析结果的影响度及处理方法，是有效处理批次效应的基础。因此，本篇综述聚焦单细胞转录组数据的批次效应，分别论述批次效应的概念、与普通转录组批次效应的区别、评测方法及面临的挑战，并对未来发展做出展望。
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