【摘 要】
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耗散粒子动力学（DPD）模拟是一种重要的研究流体动力学特性的计算模拟方法,基于Intel MIC平台设计实现了面向大规模耗散粒子动力学模拟,充分结合了DPD模拟本身的特性和MIC平台的
【机 构】
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中国科学院计算机网络信息中心,中国科学院计算科学应用研究中心
【基金项目】
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国家重点研发计划“高性能计算”重点专项项目（2016YFB0201700）,中国科学院-英特尔并行计算中心项目（902016000200）,中国科学院青年创新促进会（2016156）
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耗散粒子动力学（DPD）模拟是一种重要的研究流体动力学特性的计算模拟方法,基于Intel MIC平台设计实现了面向大规模耗散粒子动力学模拟,充分结合了DPD模拟本身的特性和MIC平台的特征。对DPD模拟中的近邻列表构建和短程作用力关键代码实现了向量化优化,在CPU和MIC协处理器之间采用任务计算负载平衡机制,支持MPI进程内线程数量负载平衡控制。分别在原型程序上和LAMMPS集成中做了性能对比分析,实验结果显示了引入相关优化技术的有效性,为进一步研究面向MIC众核平台的分子动力学相关工作奠定了基础。
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